Die Jakobikirche wurde auf der ehemaligen Trennlinie zwischen der Stralsunder Alt- und Neustadt errichtet. Mitte des 14. Jahrhunderts wurde in der ursprünglichen Hallenkirche das Mittelschiff erhöht, die Seitenschiffe durch Kapellen erweitert und der neue Westturm errichtet. Mit dem 68 Meter hohen Turm erhielt die chorlose Kirche ihren schönsten Architekturteil.
Im Laufe der Geschichte hat die Jakobikirche viele Wunden davongetragen. Von den drei Stralsunder Pfarrkirrchen wurde sie am meisten in Mitleidenschaft gezogen: 1628 wurde sie bei der Wallensteinschen Belagerung von dreißig Geschossen getroffen. 1662 brannte die gotische Turmpyramide durch Blitzschlag nieder. Die barocke Turmhaube entstand im Jahre 1678. Artilleriebeschuss verursachte 1678 und 1715 im Innern der Kirche beträchtliche Schäden. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts benutzten die Franzosen sie als Pferdestall. Auch bei einem Luftangriff am 6. Oktober 1944 wurde St. Jakobi nicht verschont. Durch Auslagerung konnten immerhin die prachtvolle Kanzel des Stralsunder Bildhauers Hans Lucht sowie das Ölgemälde von Johann Heinrich Tischbein mit den Motiven "Kreuzabnahme" und "Himmelfahrt", gerettet werden. 1955 wurde im Emporenbereich des Turmes der Gustav-Adolf-Saal eingebaut. Mit Hilfe von Fördermitteln des Bundes und des Landes sowie der Deutschen Stiftung Denkmalschutz wurde die Jakobikirche restauriert.
Heute finden in der Kirche St. Jakobi keine Gottesdienste mehr statt - als Stadt- und Kulturkirche ist sie inzwischen eine besondere Location für Veranstaltungen wie Theateraufführungen, Ausstellungen und Konzerte.
Seit 2020 ist auch die neue alte Jakobi-Orgel im Einsatz. Das Instrument war seit der Ausplünderung gegen Ende des 2. Weltkriegs unspielbar. Drei Jahre lang wurde es in traditioneller handwerklicher Weise des 18. Jahrhunderts neu gefertigt: In das historische barocke Orgelgehäuse von 1741 wurde eine neue Wegscheider-Orgel eingebaut – sozusagen ein neues historisches Instrument im alten historischen Kleid. Für die neue Orgel wurde der Klangstil des 18. Jahrhundert gewählt. Dieser Stil verkörpert kraftvolle Fülle und Farbigkeit. Angelehnt an den Stil Gottfried Silbermanns und Joachim Wagners wird die Orgel als erste große „Bachorgel“ in MV gefeiert. Sie ist gleichzeitig der bisher größte Orgelneubau in Mecklenburg-Vorpommern und garantiert vielseitige konzertante Nutzungsmöglichkeiten, beispielsweise in Kombination mit Solisten, Chören und Orchestern.
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